Nach Aussage Abid Hamid Mahmud el-Tikritis, des früheren Privatsekretärs Saddam Husseins, habe dieser sich mit Udai und Kusai Hussein in den Wochen nach Ende der Kampfhandlungen in dem Irak versteckt gehalten und sich dann nach Syrien abgesetzt. Die dortigen Behörden wiesen sie aber wieder aus, so dass sie sich weiter in dem Irak versteckt halten mussten.

Auf dem vom der US-Verteidigungsministerium herausgegebenen Kartenspiel der meistgesuchten Iraker war Qusai auf der Kreuz-Ass-Karte abgebildet (Nr.2). Für einen Tipp auf den Aufenthaltsort wurde eine Belohnung von 15 Millionen US-Dollar in Aussicht gestellt.

Am 22.07 2003 wurden er und sein Bruder Udai in der nordirakischen Stadt Mossul bei einem mehrstündigem Gefecht mit amerikanischen Spezialeinheiten sowie Soldaten der 101. Luftlandedivision getötet. Kurz davor hatten die Amerikaner einen Hinweis zu dem Aufenthaltsort bekommen. Die Soldaten fanden 4 Personen, einschließlich der Brüder, tot auf, außerdem drei weitere verwundete Personen.

Nach Medienberichten (z.B. BBC, New York Times) feierten viele Menschen in Bagdad die Nachricht vom Tod der Brüder, indem sie Schüsse in die Luft abfeuerten. Da die Nachricht aber trotzdem von vielen Irakern anfangs angezweifelt wurde, veröffentlichte das US-Militär zunächst Fotos der Toten und führte später die aufgebahrten und äußerlich wiederhergestellten Leichen den Kamerateams unabhängiger internationaler Medien vor.

Die positiven Reaktionen auf den Tod der Brüder sind vor allem damit zu erklären, dass beide eine grausame Schattenherrschaft neben ihrem Vater führten. Vor allem Udai, der ältere der beiden, fiel häufig durch menschenverachtende Partys und willkürliche Ermordungen auf.

Westliche Medien begrüßten ebenfalls den Tod der beiden Brüder. George W. Bush sprach von einer "positiven Nachricht".

Siehe auch: Dritter Golfkrieg

Er war verheiratet und hatte 3 Kinder (zwei Söhne und eine Tochter). Der 14-jährige Sohn Mustafa Hussein kam wie sein Vater bei dem Gefecht am 22. Juli in Mossul ums Leben.